Secara kelembagaan, organisasi Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA (UHAMKA) dilengkapi dengan Dewan Penyantun, Badan Pelaksana Harian, Senat Universitas, Pimpinan, Pembantu Pimpinan, dan staf. Struktur organisasi dan susunan personalia organisasi Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA (UHAMKA) adalah sebagai berikut :
A.Dewan Penyantun
Dewan Penyantun UHAMKA mempunyai susunan sebagai berikut :
Prof. Dr. H. M. Dien Syamsudin, MA. : Ketua (merangkap anggota)
Prof. Dr.H. Syafii Maarif, MA. : Wakil Ketua (merangkap anggota)
Prof. Dr. H. M. Amin Rais, M.A. : Anggota
Prof. Dr. H. Yahya A. Muhaimin : Anggota
Prof. Drs. H. A. Malik Fadjar, M.Sc. : Anggota
B. Badan Pelaksana Harian
Drs. H. M. Husni Thoyar, M.Ag. : Ketua (merangkap anggota)
Drs. HM. Suwardi : Wakil Ketua (merangkap angota)
Drs. H. Supriadi Kasim : Sekretaris (merangkap anggota)
H. Sumaryono Raharjo, SE, MBA. : Bendahara (merangkap angota)
Drs. H. Rusdi Hamka : Anggota
dr. H. Sudibyo Markus. : Anggota
C. Senat Universitas
Senat UHAMKA berdasarkan Keputusan Rektor Nomor 184/D.04.01/2005 tanggal 20 Juli 2005 adalah sebagai berikut :
Ketua merangkap anggota : Prof. Dr. H. Suyatno, M.Pd. (Rektor)
Sekretaris merangkap anggota : Dipilih dari para anggota Senat Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA
Anggota :
1. Unsur Pimpinan
Rektor : Prof. Dr. H. Suyatno, M.Pd.
Wakil Rektor I : Dr. H. Muchdie MS.
Wakil Rektor II : Dr. H. Pujo Sumedi AS, M.Ed..
Wakil Rektor III : Dr. H. Gunawan Suryoputro, M.Hum.
Wakil Rektor IV : Drs. H. Zamah Sari, M.Ag.
2.Unsur Guru Besar :
Prof. Dr. H. Ismaun
Prof. Dr. H. Hadjid Harnawidagda, M.Pd.
Prof. Dr. H. Syofyan Saad, M.Pd.
Prof. Dr. Hj. Sabarti Akhadiah
Prof. Dr. Ahmad HP.
Prof. Dr. H. Muardi Chatib
Prof. Dr. Ir. Koesmawan, MBA., DBA.
Prof. Ir. Anwar Arief, M.Sc.
Prof. Dr. H. Burhan Bungin, M.Si.
Prof. Dr. H. Fathurrahman Djamil, MA.
Prof. Dr. M. Noor Rochman Hadjam, SU.
Prof. Dr. H. Qomari Anwar, MA.
3.Unsur Dekan/Direktur/Ketua Lembaga
Dekan FKIP : Dr. H. Edi Sukardi, M.Pd.
Dekan FE : Drs. Ahmad Subaki, SE., MM., Ak.
Dekan FT : Mujirudin, ST., MT.
Dekan FMIPA : Drs. H. Endang Abutarya, M.Pd.
Dekan FIKES : Dra. Hj. Ema Rachmawati, M.Kes.
Dekan FISIP : Dr. Sri Mustika, M.Si.
Dekan FAI : Dr. H. M. Marifat Iman KH. M.Ag.
Pimpinan Fakultas Psikologi : Dra. Aisyah Ramadhani, M.Psi.
Direktur PPs : Prof. Dr. H. R. Santosa Murwani
Ketua Lemlitbang : Drs. Daniel Fernandez, M.Si.
Ketua LPPM : H. Endy Syaiful Alim, ST., MT.
4.Unsur Dosen
: Dra. Sri Mawani, M.Pd.
: Dr. Ade Hikmat, M.Pd.
: Dra. Hj. Sulhah Saidah
: Drs. H. Susilo Wardoyo, M.Pd.
: Drs. Zuhad Ahmad
: Drs. Sigit Sumarsono, M.Pd.
: Dra. Suswandari, M.Pd.
: Drs. Muhammad Hirsahdy Tatje
: Drs. Rudy Gunawan, M.Pd.
: Drs.Tri Cahyono Nurharsono, M.Si.
: Dra. Sri Giyanti, MM.
: Drs. Slamet, M.Pd.
: Drs. Budhi Akbar, M.Si.
: Dra. Hj. Aliyah Hamka, MM.
: Drs. Ahmad H. Abubakar, MM.
: H. Ahmad Subaki, SE, MM.
: Eti Rochaeti, SE., MM.
: M. Mujirudin, ST., MT.
: Dra. Imas Ratna Ermawati, M.Pd.
: Fitri Mintarsih, S.Kom., M.Kom.
: Drs. Budi Arman, Apt.
: Drs. H. Sediarso, Apt.
: Ipik Muhammad Fikri, SKM., M.Kes.
: Dra. Hj. Emma Rachmawati, M.Kes.
: Ony Linda, SKM., M.Kes.
: Dr. Bambang Dwi Hartono, M.Si.
: Drs. Bunyamin, M.PdI.
: Fitriliza, MA.
D. Pimpinan, Pembantu Pimpinan dan Staf Universitas
1.Unsur Pimpinan :
Rektor : Prof. Dr. H. Suyatno, M.Pd.
Wakil Rektor I : Dr. H. Muchdie MS.
Wakil Rektor II : Dr. H. Pujo Sumedi AS, M.Ed..
Wakil Rektor III : Dr. H. Gunawan Suryoputro, M.Hum.
Wakil Rektor IV : Drs. H. Zamah Sari, M.Ag.
2. Biro Umum & Keuangan (BUK) :
Kepala Biro : SUMARSO, SE.
Kabag. Kepegawaian & Tatalaksana : Drs. Ahmad Suhaeri.
Kabag.Rumah Tangga : Thamrin Jafar
Kabag. Keuangan : Mufida, SE.
Kabag. Verifikasi dan Anggaran : Hasim Rumawan, SE.
Staf Biro Umum dan Keuangan (BUK) :
Khadirin Kusna Efendi
Nilam Avesina, S.Kom. Hadi Sutarno
Farida Hariyati, S.IP. Toip Suwarsa
Eulisa Dinnuria Siregar, A Md. Sobur
Anisah Bajri Indra
Farikah Musrijal
Ahmad Rizki Sahroni
Kodirin Sobirin
Ngadimun Sandi Purnomo
Daryono Selfino Konfidento
3. Biro Akademik dan Kemahasiswaan (BAK) :
Kepala Biro : SUGEMA, ST. M.Kom.
Kabag. Akademik, Kemahasiswa dan Alumni : Syafrul Kodri, S.Pd.
Kabag. Sistem Informasi : Erizal, S.Kom
Staf Biro Akademik & Kemahasiswaan (BAK) :
1. Zamroddin Thoha
2. Masropa Sidik
3. Iin Mutmainah
4. Iman Setiawan
4. Biro Kerjasama , Humas dan Promosi (BKHP)
Kepala Biro : Tri Wintolo Apoko, M.Pd
Kabag. Humas & Kerjasama : Isti Nurohmah, S.Pd.
Kabag. Promosi : Drs. Munawar Rahman, MM.
5. Unit Pelaksana Teknis (UPT) Perpustakaan
Kepala : Endang Setijowati, S.Pd
Sekretaris : Risna Kemaladewi, SS..
Koordinator Kampus Ps. Rebo : Suprihationo, A.Md.
Koordinator Kampus Klender : Aam Aminah, S.Sos.
Koordinator Kampus Matraman : Muji Rahayu, S.Pd.
Koordinator Kampus Matraman (PPS) : Muji Rahayu, S.Pd.
Staf Perpustakaan :
1.Diah Budiningsih. 5. Vituntara Hani
2.Muhidin 6. Khairul Huda
3.Fatimah 7. Danang W
4.Irma Suryani 8. Firmawati
9. Uswa Hasanah
6. Satuan Pengamanan (SATPAM) Kampus
Wasidi Puryono
Inzaldin Syofyan Nurdin
Jaenal Arifin Yudi Lesmana
Gatot Budiarto Djuwayanto
Kaderi Durochim
Abd. Rahman Jumadi
Hengki Wijaya Hengki Wijaya
Dedy Istanzah
E. LEMBAGA - LEMBAGA
1. Lembaga Penelitian dan Pengembangan
Ketua : Drs. Daniel Fernandez, M.Si.
Sekretaris : Dr. Prima Gustiyanti, M.Pd.
Kepala Sekretariat : Inarman, S.Pd.
2. Lembaga Pemberdayaan dan Pengabdian Masyarakat
Kepala : H. Endy Syaiful Alim, ST., MT.
Sekretaris : Dr. Sri Astuti, M.Pd.
Kepala Sekretariat : Drs. Subagyo
Staf : Satimo
3. UPT Penerbitan dan Percetakan
Kepala : Drs. W a l I j a
Sekretaris : Drs. Sugeng Riadi, M.Pd.
4. Pengelola Koran Kampus : Akhlanudin, BA.
5. Pengelola Tadib : Drs. M.Lutfhie, M.Si.
6. PUSAT PENGEMBANGAN BAHASA
Ketua : Drs. Muhammad Lukman, MA.
7.PUSAT STUDI BUYA HAMKA
Ketua : Prof. Dr. Hj. Aliyah Hamka, MM.
Sekretaris : Desvian Bandarsyah, M.Pd.
Staf : Desyanto
8.LEMBAGA PENJAMINAN MUTU (LPM)
Ketua : Dr. Suswandari, M.Pd..
Sekretaris : H. Syaiful Rohim, M.Si.
Kasubag Tata Usaha : Afdol Lubis, A.Md..
9. UPT Laboratorium dan Jaringan Komputer
Koordinator : M. Ghofir, S.Kom
Staf : Rahmat Maulana, S.Kom